水龟常发生的疾病主要有以下几种：
细菌性疾病：如气单胞菌属、沙门氏菌、分枝杆菌和其他革兰氏阴性菌等引起的；
病毒性疾病：如痘样病毒病、疱疹病毒病和传染性肝炎等；
真菌病：由于常常生活在有水的环境中，因而当养殖水体或其他场所消毒不严时，常使水中有多种细菌或真菌滋生，致使龟感染疾病，本病常是由水霉、綿霉和腐霉料中的腐霉寄生于龟所引起的一种真菌性皮肤病；
营养物质缺乏症：如维生素A缺乏症、维生素E缺乏症、维生素D缺乏症、维生素K缺乏症、维生素B缺乏症、骨软症等；
消化不良症：病因是投喂了冰冻的饲料或腐败变质的饲料，或因温度过低，致使胃肠个功能紊乱；
异物性胃炎：误吞入各种异物，如金属制品、树叶、木条等、剖检时常可发现，这些异物可以引起幽门损伤而发生炎症，治疗时宜同胃肠炎，注意消炎；
冻伤：由于水龟（仅限于水龟）的体温高低随外界气候变化很大，温度越低越潮湿，受冻时间越长伤势越严重，如不及时采取相应措施会采取继发和感染性疾病；
外伤：主要见于水龟混养，国内玩家环境布置不当，之间互相争斗而造成的身体局部损伤，交配和采食时会发生争斗；
环境性疾病：如环境适应不良综合症，表现为嗜睡、厌食、最后导致死亡，可以考虑增加温度和阳光来增加食欲；
寄生虫病：如球虫病、舌形虫病、蠕虫病、蛭病等，这是由于寄生虫寄生于鱼体内，被龟食用后发生的疾病；
痛风：
病因：源于过食。动物摄取超量的蛋白质后，血液中的氨基酸超过动物合成其自身蛋白质所需量时，便会分解成胶盐和尿酸盐。过量的尿酸盐淤积在肾小管、关节、内脏等器官组织时会引起运动困难和器官功能失常。
病症：主要表现为拒食，精神萎靡，后腿麻痹，肾肥大，肾内有白色尿酸盐积累，肝和关节也可发现有尿酸盐沉积。
治疗：停止喂食，仅供水，以加速消除尿酸盐。
眼病：
病因：由气单胞菌感染引起。国外报道此病能以流行病的形式发生。初孵雏龟和幼龟尤易得病，有时有痘病毒参与感染。
病症：主要表现为在犯病初期，眼分泌出较多的浆液状分泌物，使眼睑粘连。此病若进一步发展，瞬膜和角膜会出现严重炎症，令鳄眼窝肿胀，吃食困难，不肯爬人水中。
治疗：取1％的甲紫水溶液和氯霉素眼药膏涂擦患处。
胃炎：
病因：胃炎是爬行动物一种较普遍的疾病。病原菌种类较多，最常见的是假单胞菌和气单胞菌。从患病龟病灶培养
出气单胞菌、柠檬酸细菌假单胞菌，也常由病毒引起。
病症：拒食，行动迟钝，腹部鼓胀，内充气或吞食大量砂子。胆汁外渗，肝肿大或变性。
治疗：同败血病。
线虫病：
病因：由各种寄生线虫引起的疾病。
病症：虫体常以头端钻龟胃肠壁或膜层，破坏组织，引起炎症。少量寄生无明显病症，大量寄生，病龟消瘦，食欲减退，胃肿胀不消，严重的可导致死亡。
治疗：常由所投喂的小鱼携带病原传播给幼鳄，因此堵塞传染途径是防止本病发生的主要措施。得病后可用口服盐酸左旋咪唆或肠虫清进行治疗。前后两次用药，用药间隔15天左右.
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